El Monasterio de San Bartolomé de Lupiana fue constituido como tal en el s. XIV sobre una ermita ya existente dedicada a San Bartolomé en 1330. Uno de los fundadores de la Orden Jerónima, Don Pedro Fernández Pecha, Caballero de Guadalajara, consiguió la cesión de las posesiones familiares en todo el término de Lupiana y ello constituyó la hacienda del que sería el primer monasterio de la Orden Jerónima. Al ser esta congregación religiosa de carácter marcadamente español recibió el apoyo de nobles y reyes que la protegieron y encumbraron.
Sus obras se fueron desarrollando acorde con su grandeza, con el magnífico claustro principal, auténtica joya renacentista, trazado por Alonso de Covarrubias en 1535. De planta cuadrada, tiene dos pisos en tres de sus lados y tres en el que mira a mediodía. En las dos primeras alturas las galerías se articulan a base de arquerías sobre columnas, mostrando la inferior arcos de medio punto que apoyan en sólidas columnas, mientras los arcos de la parte superior son mixtilíneos con delgados fustes, muy disminuidos frente a los anteriores.
Los favores reales hacia el monasterio fueron inaugurados por Juan I y luego continuadas por su hijo Enrique III, quien ayudó sustancialmente a la construcción del edificio. Tras los Reyes Católicos, que confirmaron y ampliaron las mercedes de sus antecesores, en 1569 Felipe II aceptó el patronato de la capilla mayor que los Jerónimos le ofrecieron y correspondió dando al término, brotando desde ese momento un largo capítulo de favores que el monarca les hizo, además, de haber salido de entre sus muros los frailes que habían de dar vida a su más cara realización: San Lorenzo del Escorial. Durante más de 400 años hubo reuniones trienales para elegir el cargo de superior de los Jerónimos y de prior de Lupiana en una misma persona. Fue el s. XVI el de mayor esplendor del monasterio, habitando sus celdas más de 100 monjes dedicados a la oración e investigación, siendo célebre su botica así como sus estudios musicales.
No obstante, el desarrollo de las fundaciones jerónimas más cercanas al al Corona Española (El Escorial, Yuste y Guadalupe) hizo languidecer paulatinamente su importancia. La desamortización de Mendizábal obligó a la comunidad a abandonar el monasterio. Este fue adquirido por la familia Páez-Xaramillo, continuando hasta hoy en sus sucesores. Fue declarado Monumento Histórico Artístico el 3 de julio de 1931.
